Откријте истину о томе где је тајна мисија започета. У свету који је пун тајни, Пингвини са Мадагаскара ће вам открити да је борба против зла заправо црно бела. У наизменичним акционим и комичним моментима, задаци ће их одвести широм света.

У наставку филма рат, који између птица и прасића и даље траје, изненада је прекинут с појављивањем треће, заједничке, опасности. Наши познати јунаци Црвени, Жути и Бомба сусрећу се с потпуно новим непријатељем који жели преузети острво. Овај пут птице и прасићи морају сарађивати јер једино заједничким снагама могу победити претњу која им се приближава.

Дечак са активном маштом суочава се са својим страховима на незаборавном путовању кроз ноћ са својим новим пријатељем: џиновским, насмејаним створењем по имену Мрак.