Томас Андерсон (Кијану Ривс) је програмер који ноћу води тајни живот као хакер Нео. Он жели да сазна одговор на питање Шта је то Матрикс? Морфеус (Лоренс Фишбурн) је најтраженији светски хакер који ступа у контакт са Неом и упознаје га са правом природом света у коме се налази. Година није 1999., као што Нео мисли, већ 2199. и људи се боре против машина насталих на почетку 21. века. Планета је прекривена црним облацима које је створио човек како би спречио машине да користе соларну енергију, а као одговор на то машине су до енергије долазиле користећи људска тела као батерије. Свет који Нео познаје од рођења је само симулација направљена како би машине лакше контролисале људе док их држе на апаратима преко којих долазе до потребне енергије. Морфеус је убеђен да је Нео Одабрани, за којим је трагао целога живота. Човек који по легенди има неограничену контролу над Матриксом и који ће одвести људе у победу над машинама.

Десет година након битке за Набу, галаксија је на прагу грађанског рата. Под вођством грофа Дукуа, одметника из реда Џедаја, хиљаде соларних система је запретило да ће се одвојити од Галактичке Републике. После покушаја атентата на сенаторку Падме Амидалу, бившу краљицу Набуа, за њеног чувара је постављен деветнаестогодишњи Џедај ученик Анакин Скајвокер, док се његовом ментору, Оби-Ван Кенобију, додељује задатак да истражи покушај убиства. У току мисије, Анакин открива да је заљубљен у Падме, а исто тако открива и своју мрачнију страну. Ускоро су Анакин, Падме и Оби-Ван увучени у срце сепаратистичког покрета, и у почетак нове претње галаксији? Ратове клонова.