Претходећи догађајима из X-Мен трилогије, филм X-Мен порекло: Вулверин епска је прича о Вулвериновој насилној, али и романтичној прошлости те његовом сложеном односу с Виктором Кридом и злогласним програмом Оружја X. Вулверин сусреће бројне мутанте међу којима се појављују и неке од легенди света X-Мена које већ дуго нисмо видели.

Интровертна Сали Хурст се управо уселила код свог оца Алекса и његове девојке Ким када схвата да њихово велико имање крије тајне. Истражујући очеву кућу из 19. века, Сали добија приступ тајном нижем нивоу који је почивао у миру скоро један век, док је оригинални градитељ нестао без трага. Када Сали случајно отвори капију која је чувала створења под катанцем, она схвата да мора да убеди свог скептичног оца да чудовишта постоје да би их спречила да униште њену породицу.