Шест месеци након догађаја приказаних у Матриксу, Нео се показао као добар знак за слободне људе, јер се све више људи ослобађа од матрикса и одводи на Зион, једно и једино упориште Отпора. Нео је сам открио своје супермоћи, укључујући супер брзину, способност да види кодове делова унутар матрице и одређени степен самоспознаје. Али гадна вест погађа људски отпор: 250.000 сензора машина копа за Зиона и достићи ће их за 72 сата. Како се Зион припрема за коначни рат, Оракл саветује Неа, Морфеуса и Тринити, да пронађу израђивача кључева који ће им помоћи да дођу до извора. У међувремену, Неов понављајући сан који приказује Тринитину смрт га забрињава и као да то није довољно, агент Смит је некако избегао брисање, постао је моћнији него раније и одабрао Неа као његову следећу мету.

Трећи део култног филма Матрикс. Људски град Зион брани се од масовне инвазије машина док се Нео бори да заврши рат на другом фронту, а такође се супроставља и Агенту Смиту.

Седам месеци након што је вирус опустошио британска острва, америчка војска објављује да је рат против вируса добијен и да реконструкција земље може да почне. У првом таласу избеглица које се враћају, породица се поново окупља - али један од њих несвесно носи страшну тајну. Вирус још увек није истребљен, а овог пута је смртоноснији но икад.