Радња филм прати Соника који покушава да управља својим животом на Земљи и односом са новим, најбољим пријатељем, човеком Томом. Соник и Том ће удружити снаге у покушају да спрече озлоглашеног доктора Роботника, који жели да ухвати Соника и искористи његове немерљиве моћи како би успоставио доминацију над читавим светом.

Након што се настанио у Грин Хилсу, Соник је жељан да докаже да има оно што је потребно да буде прави херој. Он је на тесту када се др Роботник враћа, овог пута са новим партнером, Наклсом, у потрази за смарагдом који има моћ да уништи цивилизације. Соник се удружује са својим помоћником Тејлсом, и заједно крећу на путовање планетом како би пронашли смарагд пре него што падне у погрешне руке.