У блиској будућности, развијена је направа која људима омогућава да, уз помоћ аватара баш као у видео играма, улазе у туђе снове и вршљају по њима. Докторка Ацуко Ћиба је психотераупеут која са својим пацијентима ради уз помоћ ове направе – уместо старог доброг „причајте ми о свом детињству“, Ћиба ће ушетати у ваше снове као Паприка (што би било име њеног аватара, а не поврће по којем се прославио Југ Србије) и на лицу места вас довести у ред. Колико оваква направа може да буде опасна постаје јасно када је украду неименовани терористи и запрете да ће снове извесног ментално оболелог човека употребити као оружје масовног уништења. Докторка Ћиба мора да на дуже време уђе у кожу свог аватара Паприке и осујети терористичке планове.

Након Четвртог удара, насукани без својих Евангелиона, Шинђи, Асука и Реи налазе уточиште у једном од ретких џепова човечанства који још увек постоје на уништеној планети Земљи. Тамо свако живи животом далеко другачијим од дана када су били пилоти Евангелиона. Међутим, опасност за свет је далеко од краја. Нови утицај се назире на хоризонту — онај који ће се показати као прави крај Евангелиона.