Прича је смештена у далеку мрачну будућност, у двадесет и шестом веку и прати киборг девојку, (особу са роботским/техничким имплантантима) по имену Алита (Роса Салазар) која се буди у свету који не препознаје, без било каквих сећања на прошли живот. Доктор Ајдо (Кристоф Валц) покушава да је заштити од њене мистериозне прошлости, док са друге стране, њен друг Хуго жели да јој помогне да врати успомене.

Човек је регрутован за борбу у будућем рату где се судбина човечанства ослања на његову способност да се суочи са својом прошлошћу.